Analisi sistematica delle firme di perturbazione dei principali driver in singole cellule tramite ECCITE-seq.

Lo studio propone un metodo basato su ECCITE-seq, una tecnica innovativa di screening CRISPR, che consente la misurazione simultanea dei trascrittomi, dell'identità dei gRNA e dell'espressione proteica di superficie cellulare a risoluzione unicellulare. Questo approccio sperimentale, scalabile ed efficiente, è progettato per convalidare sistematicamente i regolatori associati a patologie, individuati grazie a studi di associazione su larga scala e analisi computazionali multi-omiche. Come esempio applicativo, viene descritto un framework ECCITE-seq adottato per caratterizzare le conseguenze trascrittomiche della perturbazione di diversi geni regolatori neurali chiave, correlati alla malattia di Alzheimer, in neuroni derivati da cellule staminali pluripotenti indotte umane (hiPSC). Più in generale, integrando biblioteche gRNA personalizzate con vari effettori CRISPR su molteplici tipi cellulari, questa metodologia consente la valutazione dell'impatto regolatorio di geni candidati coinvolti nei processi di sviluppo e patologia. Tuttavia, il testo non fornisce dati specifici sui risultati sperimentali ottenuti né considera eventuali limitazioni della tecnica, trattandosi principalmente di una descrizione metodologica.